Výzkumné týmy
Výzkum na pracovišti probíhá zejména v rámci výzkumných týmů. Celkový počet a velikost týmů nejsou omezeny.

Komparativní a transnacionální dějiny
Vedoucí týmu: doc. Dr. phil. Rudolf Kučera, Ph.D.

Výzkum české státnosti 1848–1948. Koncepty, praxe, reflexe
Vedoucí týmu: PhDr. Dagmar Hájková, Ph.D.

Kodikologie. Studium a soupis rukopisů
Vedoucí týmu: PhDr. Marta Hradilová, Ph.D.

T. G. Masaryk a jeho spolupracovníci. Výzkum – edice – popularizace
Vedoucí týmu: Mgr. Milan Hanyš, Ph.D.

Transformace státu a společnosti v hospodářské a sociální perspektivě
Vedoucí týmu: doc. PhDr. Martin Jemelka, Ph.D.

Dějiny vědy a vědců ve společnosti v 20. století
Vedoucí týmu: doc. PhDr. Martin Franc, Ph.D.