Archivní soubory v majektu Ústavu T. G. Masaryka, o. p. s., jsou na základě smlouvy trvale uloženy v Masarykově ústavu a Archivu AV ČR, v. v. i. Nejvýznamnějšími celky jsou osobní fondy Tomáše G. Masaryka a Edvarda Beneše, provázené osobními fondy jejich rodinných příslušníků a spolupracovníků. Dějiny masarykovských bádání dokumentuje archivní fond původního Ústavu T. G. Masaryka (1932–1954) i písemnosti z období po jeho obnovení v roce 1990. Součástí této skupiny jsou také osobní fondy některých vědeckých pracovníků Masarykova ústavu AV ČR a sbírky dokumentů vážících se k životu a dílu T. G. Masaryka a E. Beneše.
Sbírka masarykian Antonína Hlaváčka (otce prof. Ivana Hlaváčka): rukopisy a strojopisy opisů korespondence T. G. Masaryka s nakladatelem Gustavem Dubským, spisovatelem J. S. Macharem. Rukopisné poznámky A. Hlaváčka, výstřižky z novin a časopisů, tisky (pozvánky, programy, plakáty), fotografie.
Procesní spisy Zeměbraneckého soudu ve Vídni proti nepohodlným osobám v politických procesech, členům Maffe, ústředního orgánu českého domácího odboje pro řízení zpravodajské a konspirační práce v českých zemích za první světové války.
Procesní spisy trestního soudu v Praze proti Omladině, politický proces v roce 1894.
Sbírka tištěných materiálů a trojrozměrných předmětů vážících se k životu a dílu T. G. Masaryka a E. Beneše.
Sbírka vznikla z rozhlasové a televizní výzvy veřejnosti, aby zasílali dokumenty k televiznímu filmu České televize o T. G. Masarykovi: Ano, Masaryk.
Noviny, časopisy, fotografie, různé upomínky na TGM, knihy, xerokopie dokumentů
Diplomy, základní dokumenty Společnosti E. Beneše, zápisy ze schůzí, zprávy o činnosti, záznamy o akcích, korespondence, dokumentační sbírky.
Zápisy ze schůzí, zprávy, publikace ústavu, rukopisy, korespondence, dokumentační fotografie E. Beneše.
Instituce založená T.G. Masarykem v roce 1932 jako nadace s účelem správy knihovny, archivu a vydávání jeho prací a bádání v oblastech, kterými se původce zabýval. Její činnost navazovala na Osobní sekretariát a Soukromý archiv a knihovnu prezidenta republiky. Za druhé světové války přejmenována na Studijní knihovnu filozofickou, v roce 1941 zrušena, písemnosti uloženy v Klementinu. V roce 1945 obnovila činnost, v roce 1954 zrušena.
Doplňující materiály (opisy, výstřižky, rukopisy) k osobnímu fondu T. G. Masaryka. Diáře tajemníka V. Kučery a jejich opisy. Druhou skupinou jsou materiály vzešlé z činnosti Ústavu T. G. Masaryka - výstavba ústavu, korespondence, účetní doklady, výstřižky a fotoarchiv. Do fondu byly začleněny části osobních pozůstalostí K. Urbana a V. K. Škracha.
Dokumenty z působnosti obnoveného Ústavu T. G. Masaryka (od 1990); dokumentační sbírka.
